Звучи, эуфониум! Добро пожаловать в клуб духового оркестра старшей школы Китауджи

Юу и Харука являются давними подругами, которые привыкли проводить время вместе и поддерживать друг друга. При поступлении в старшие классы их рассадили за разные парты, что создало препятствие для их обычного общения. Чтобы сохранить сложившиеся дружеские отношения, девушки принимают решение предпринять нестандартные действия.

В сюжете появляется персонаж по имени Сакура, которая выполняет функции хранительницы временного потока. Ее задача заключается в защите существующего миропорядка от попыток изменения истории. В рамках своих обязанностей Сакура противостоит силам, стремящимся нарушить хронологическую последовательность событий в разных временных периодах.

Первое задание Сакуры связано с поимкой вора Сугинами в эпоху Эдо. Преступнику удается скрыться при помощи волшебниц Немо и Михару, хотя украденный артефакт возвращен. Центр сохранения исторических событий, где работает Сакура, анализирует мотивы преступника и природу помощи со стороны волшебниц. Эти события оказывают влияние на дальнейшее развитие отношений между персонажами.