Действие происходит в альтернативной версии Японии будущего, пережившей серию природных катастроф в 2020-х годах, за которыми последовал период нестабильности, экономического восстановления и внутренних конфликтов. В новом обществе все аспекты жизни граждан контролируются системой искусственного интеллекта под названием Сивилла. Система определяет образовательные учреждения, профессиональную деятельность и семейные отношения для каждого человека. Для поддержания порядка используется психопаспорт - устройство, оценивающее склонность личности к преступным действиям через цветовые индикаторы и числовые рейтинги.
Во втором сезоне главной героиней остается инспектор отдела общественной безопасности Аканэ Цунэмори, которая демонстрирует полную лояльность системе Сивиллы. Ее психопаспорт сохраняет стабильный светло-голубой цвет, свидетельствующий о низком уровне криминального потенциала, несмотря на регулярные контакты с преступниками. Система продолжает функционировать в штатном режиме и уделяет особое внимание наблюдению за Цунэмори. Ситуация изменяется, когда в городе начинается серия террористических актов, приводящих к массовым жертвам среди гражданского населения.
Для поимки преступника задействуются оперативные группы различных подразделений. После задержания террориста выясняется, что его психопаспорт остается чистым согласно показаниям системы Сивиллы. Это создает оперативные трудности для Цунэмори, поскольку система не идентифицирует преступника как угрозу. Инспектору предстоит провести расследование, которое выявит скрытые проблемы в работе городской инфраструктуры, считавшейся ранее идеальной.