Аркнайтс: Прелюдия к рассвету

События происходят в мире Терра, имеющем сходство с Землей. Отличительной особенностью являются живые организмы с чертами животных, способные использовать магию под названием Искусство Оригиниума. На планете регулярно происходят Катастрофы, вынуждающие население к постоянным перемещениям. Эти явления привели к возникновению заболевания Орипатия, характеризующегося стопроцентной летальностью и высокой заразностью.

Инфицированные Орипатией подвергаются изгнанию из общества для предотвращения распространения болезни. Центральным персонажем является человек с амнезией по кличке Доктор. Несмотря на потерю памяти, он возглавляет фармакологическую компанию "Остров Родос", специализирующуюся на медицинской помощи зараженным.

Деятельность организации включает как лечение инфицированных, так и противостояние группе зараженных, стремящихся отомстить правительству за преследование больных Орипатией. Конфликт развивается вокруг различных подходов к решению проблемы заболевания и его социальных последствий.